行业利润下降难以避免
在意见稿中，将生产企业销售利润率改成以类型划分，比如化学药有效成分创新为18%，相当于过去三类新药的最高销售利润率。
此次，意见稿对中药的倾斜明显。从意见稿中可以得知，中药的销售利润率最高，生物药其次，化学药最低，依次分别高出2～3个百分点。
尽管如此，国泰君安分析师易镜明还是看好医药，不过在行业估值较高的背景下，政策疑云有待时间消化，因此短期内医药行业可能将继续调整，时间可能达到2～3个月。
贺平鸽亦认为：“药价调整是行业常态，与日益扩容的市场相比，即使存在短期阵痛，增势仍不变。新医改仅仅一年，已经显著拉动了基层强劲的消费需求。”
可以说，增长才是医药行业的主旋律。她告诫投资者，不要因此而迷失战略性主流投资方向。
除此之外，在管理办法中，明确限定了“政府指导价”药品“从出厂到零售之间的价格差额”，而且留下的加价空间很小，这样对很多
代理模式企业的盈利影响很大。
王晞认为，此次政策的出台，可能会加速医药流通领域的整合进程，大型医药商业企业的市场集中度有望进一步提升，但利润率的下降仍然不可避免。与之相关的国药股份（600511）、一致药业（000028）将迎来一系列的变局。
这是自2008年股市进入熊市后，医药股迎来的最重的打击，而一直具有抗压性能的医药股，也终于保不住另类地位。
多家分析机构人士表示，因为新药管还未正式出台，对药企的具体影响还无法完全判断；明显的是，与2000年版相比，此次执行力度肯定会加大。
而参与真正执行监管，不再只是药监局，工商管理部门也将参与其中，主要是从企业增值税方面介入。此项如果真正执行，将让药企灰色利润告别“隐遁无形”。
成本核实难题
那么明显对于靠规模占据优势的企业，可能将告别长阳，迎来长阴。而行业内也将因此迎来重组。
在政策能够如实执行的前题下，短期内医药企业利润水平将不同程度的降低，一些中小企业甚至会面临生存的压力，可能会引发行业洗牌。
长期来看，该政策将促使医药企业加大产业升级的力度，争取仿制药出口，避免受到国内药品价格的制约。
因此，研发能力强的优质企业的竞争力有望得到提升。比如，恒瑞医药（600276）坚持多年的仿制药创新，使其有机会获得超量收益。
新药管的关键在于执行。在贺平鸽看来，最关键的问题在于：谁来一一核实“5000多家工业企业+13000多家批发企业+13万家零售企业，无数药品品规”的成本数据？
可能新药管只是表达了监管层的终极调控方向和目标，当然如果医药行业已经实现高度集中了，巨型医药企业能达到这样的利润率和差价率，仍然算得上好企业。
现下中国药企遍地重生，在新药管背景下，将迎来“以大吃小”和“以创新代替仿制”的大趋势，重组潮酝酿其中。
近期，经过一系列并购重组，国药集团、华润集团、新上药集团3家座次排定，重新排座后的行业大佬浮出水面，近期国家要求在国内形成几个医药领袖集团的设想正在初步实现。但医药业内的整合还远远没有尘埃落定。未来医药行业整合、集中度提升是必然趋势。
安邦咨询分析师边晨光认为，制药企业所受影响相对较小，流通企业则冲击较大。未来1年，我国1.6万家医药企业或将减少一半。
边晨光指出，医药产业将主要出现兼并重组、强强联合的趋势，行业集中度将不断提高，专业化、细分化趋势也将愈发明显，拥有自主研发能力及创新度高的企业将逐渐成为主流，而一些小企业可能会在未来10年里消失不见。
无论如何，此次意见稿出台，是否执行彻底，才是关键；如果不能执行，就会遭遇2000年版药改一样的状况，无法改变大部分药企的现状。