党中央、国务院确定深化医药卫生体制改革的总体目标是：建立健全覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度，为群众提供安全、有效、方便、价廉的医疗卫生服务，切实缓解群众“看病难、看病贵”问题，基本建立覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度。为使改革尽快取得实效，国务院明确了近期需要抓好的五项重点改革任务，其中，初步建立国家基本药物制度是保证群众基本用药的可及性和有效性，减轻群众基本用药负担的一项重要改革任务。2009年，国务院发布《国家基本药物目录（基层部分）》，包括307个品种，其中化学药品和生物制品205种，中成药102种和中药饮片，而民族药没有列入，只作出规定：“民族自治区内政府举办的基层医疗卫生机构配备使用国家基本药物目录以外的民族药，由自治区人民政府制定相应管理办法。”

    蒙医蒙药是几千年来为各族人民特别是蒙古民族的繁衍生息作出了重要贡献，至今仍是广大人民群众防病治病的重要手段，是祖国医学的组成部分，同时也是东方医学的重要组成部分，是我国非物质文化遗产的宝贵财富。不仅在内蒙古自治区广泛使用，在黑龙江、吉林、辽宁、甘肃、青海、新疆、河北等七省区的十几所蒙医医院也普遍使用，特别是近年来在北京、上海、广东、云南、海南等省市也开始被用来防病治病。

    2009年出台的《国务院关于扶持和促进中医药事业发展的若干意见》中对中医药（包括民族医药）的重要作用进行了阐述：“长期以来，中医药和西医药互相补充、协调发展，共同担负着维护和增进人民健康的任务，这就是我国医药卫生事业的重要特征和显著优势。中医药临床疗效确切、预防保健作用独特、治疗方式灵活、费用比较低廉，特别是随着健康观念变化和医学模式转变，中医药越来越显示出独特优势。中医药作为中华民族的瑰宝，蕴含着丰富的哲学思想和人文精神，是我国文化软实力的重要体现。扶持和促进中医药事业发展，对于深化医药卫生体制改革、提高人民群众健康水平、弘扬中华文化、促进经济发展和社会和谐，都具有十分重要意义”。