然而20世纪90年代以来，由于受到来自美、英等国的竞争压力，德国在生物医药产业领域的支配地位被削弱。究其原因，他们认为主要是德国研发（R&D）投入不足，与经合组织（OECD）其他成员国相比，德国生物医药产业R&D投入所占份额连续降低，而英、法等国却连续稳定增长。

 

　　德国生物医药产业的基础研究工作是通过政府资助形式完成的。资助对象有研究机构（大学、研究中心等）和由国家研究委员会认证的国有科研部门。

 

　　据统计，德国75%的生物医药R&D投入是通过研究中心、项目中心等实施的。为加快生物医药产业发展，他们先后启动了“生物医药产业2000计划”、“2001年生物医药产业发展纲要等，在生物医药R&D方面发挥着重要作用，但是这些资助缺少明确的技术性目标。在生物医药公共研究开发方面，德国拥有自己的特色科研体系，包括92所大学的科学系或医学系，以及各公共部门所属的生物制药研发机构。这些研发机构主要从事生物科技、科技中介、临床试验等方面的研究活动。几乎所有的生物医药企业都与大学、公共研究机构有着密切的合作。其中，生物技术公司主要是利用国家知识创新基地从事研发创新，而大型的制药企业主要是寻找全球合作伙伴，打造制药产业基地。

 

　　知识和资金是德国生物医药创新体系的主要因素。知识来源主要是大学、公共科研机构，生物医药产品的创新与发展主要来自制药企业。

 

　　此外，生物技术公司也在技术创新中承担着重要的作用。在资金方面，私人资金、风险投资在近些年德国生物制药产业的发展中起到了关键作用，其结构性的变化对高新技术企业有着重要的影响，尤其从一个早期阶段到晚期阶段的重大转折时期，风险投资发挥着重要的作用。