该院前身为1978年创建的哲里木盟医学院。学院在创建初期仅有1个蒙医专业的基础上发展为蒙医学、蒙医骨伤、蒙药、药物制剂和高级护理5个专业，其中蒙医学为自治区重点学科，蒙药学为自治区示范课程。学院在教学层次上门类齐全，面向全国招收硕士研究生、本科生、大专生，培养的蒙医药人才在内蒙古及新疆、青海、甘肃、辽宁、吉林、黑龙江等地区的医药卫生事业中发挥着骨干作用。

蒙医药学院使用蒙语教学，教材的编写出版是一项极为繁重的任务。学院组织教授、蒙医药专家编写教材，先后编写出版了25部本科教材、14部专科教材，保证了教学需要。其中，11部教材荣获国家教育部及自治区优秀教材。2003年，学院启动了《21世纪教育振兴行动计划》项目蒙医药43部高等院校规划教材的编写工作。

为提高教育教学质量，该院努力探索和实践产、学、研一条龙发展的新路，大力加强科研平台建设，现已建成“蒙药研发国家工程实验室”、“国家民委教育部蒙医药研发工程重点实验室”、“内蒙古自治区蒙医药研发重点实验室”、“内蒙古高校蒙医药研发工程重点实验室”、“内蒙古医药卫生蒙医药重点实验室”5个实验室。该院还致力于将科研成果转化为产品推向市场，造福民众。近年来，在沈阳药科大学、中国中医研究院及通辽蒙药制药有限公司的支持与协作下，研制生产了多种蒙药新药。