国家食品药品监督管理总局在北京市宣武门西大街26号院悄然挂牌，原国务院食品安全办、国家食品药品监管局、质检总局、工商总局的食品药品监管职能正式进行整合。新组建的国家食品药品监督管理总局改变了食品安全监管长期“九龙治水”的格局，使得食品安全监管环节从多段变成少段，执法环节大幅减少。
正式挂牌一年来，国家食药监总局先后针对保健食品非法生产、非法经营等市场乱象；药品领域特别是中药材市场的违法经营、掺杂掺假、染色增重等为百姓所诟病的情况，以及婴幼儿奶粉监管等紧密结合民生的领域进行了专项整治行动。
根据相关统计数据显示，2013年食药监系统共查处各类食品药品违法违规案件近30万起，移送司法机关3390件，捣毁制假窝点2986个，配合抓获犯罪嫌疑人1万余人。食品安全监管方面，2013年全系统共注销生产许可证10332个、吊销流通许可证1559户。
记者了解到，今年国家食药监总局将在监管体制改革及加快相关法律法规修订的工作上进一步加大力度，指导地方进一步开展监管体制改革，充实基层力量并鼓励乡镇设立基层监督所。同时，《食品安全法》《药品管理法》等法律法规和相关标准以及不合格食品召回和停止经营相关制度也在修订及完善之中。
2013年5月
保健食品打“四非”
2013年5月6日，一些由国家食药监总局派出的暗访组员装扮成的“客商”出现在北京十里河保健食品批发市场、山东保健食品批发市场、河南郑州航母城保健食品批发市场中。与其他造访市场的买主关心商品和价格的表现不同，这些“客商”着重关注了产品的经营资质、产品资质、产品标签标识甚至广告宣传。
几天后，挂牌后的国家食品药品监督管理总局召开了成立后的首场新闻发布会，宣布在5月初至9月底在全国范围内开展打击保健食品“四非”专项行动，包括打击保健食品非法生产、非法经营、非法添加以及非法宣传的行为。
发布会上，国家食品药品监督管理总局副局长刘佩智介绍，调查发现，保健食品批发市场普遍存在产品来源不明、夸大产品功能和宣传疗效、非保健食品冒充保健食品等现象。
近日，记者从国家食药监总局了解到，在该项行动中，全国共检查保健食品企业近50万家次，立案1万多起，责令停产停业797家，吊销证照47家，移送公安部门违法案件468件，移送工商部门非法宣传案件3907件。
2013年7月
责令千家企业停产
2013年7月17日，国家食药监总局部署药品领域首个重大行动，针对药品领域区域性系统性苗头和潜规则性质药品安全隐患，开展打击药品违法生产、违法经营、加强药品生产经营规范建设和药品监管机制建设为主要内容的“两打两建”专项行动。
针对中药材市场的违法经营、掺杂掺假、染色增重、滥用硫黄熏蒸等多次被媒体曝光的问题，7月30日，国家食品药品监管总局在京召开中药材专业市场整治约谈会，国家食品药品监督管理总局相关负责人在会上表示，将拿出“刮骨疗毒”的勇气，对此类问题进行彻底的清理整顿。