城乡分割的户籍登记制度即将取消，但城乡不同医疗保险制度间的分割仍然存在，由此导致的重复参保问题也未能解决。据媒体报道，新型农村合作医疗（简称新农合）、城镇居民基本医疗保险（简称居民医保）、城镇职工基本医疗保险（简称职工医保）三大制度的全国重复参保率目前在10%左右，超过1亿人重复参保，每年财政重复的无效补贴超过200亿元。
我国长期以来实施“城乡分治，一国两策”的二元社会政策，在农村实行的是新农合，而在城市实行的是职工医保和居民医保。由于新农合无论是筹资水平、还是补偿力度，均低于职工医保和居民医保，参保者为了减少可能发生的医疗负担，一些已参加新农合的农民工，在城镇工作时，又选择参加流入地的职工医保。此外，逐渐推广的居住证制度使流动人口不受户籍限制，已经参加新农合的流动人口，为了避免异地报销困难，也选择参加居民医保。
新医改以来，虽然医保的覆盖面在不断扩大，但其制度性缺陷也日益凸显出来，尤其是城乡分割暴露出政策的公平性不足。目前，医保的高覆盖率并没有从根本上解决“看病贵”，“因病致贫、因病返贫”的现象仍然存在。在重复参保现象严重的流动人口中，农民工占据了绝大多数，由于仅靠参加户籍地的新农合，不仅存在补偿
标准低的问题，还会遇到异地报销困难等困难。
目前，职工医保和居民医保隶属于人社部门管理，而绝大多数地区的新农合被划归卫生部门管理。为了争取部门预算和财政补贴，管理部门之间争抢参保人员，诱导了多头参保、多头报销的现象。近年来，要求建立城乡一体化、整合三大医保制度的呼声也越来越高。
早在2009年的新医改方案就提出，“探索建立城乡一体化的基本医疗保障管理制度。”2012年4月，“十二五”医改规划再次提出“加快建立统筹城乡的基本医保管理体制”。去年，十八届三中全会的《决定》也明确指出，“建立更加公平可持续的社会保障制度”、“整合城乡居民基本医疗保险制度”。
但整合三大医保制度无疑会触碰到部门利益，到底由谁来整合，人社部门和卫生部门看法迥异。人社部门认为，人社部门不仅具有长期管理医疗社会保险的机构、人员、经验积累与信息系统，而且和医疗方没有直接利害关系，由人社部门整合比较合适。卫生部门则认为，卫生部门管医保，属于“一手托两家”，既管理医疗又管理医保，需要同时考虑参保人和
医院的利益，可以更有效地使用好医保资金。两大部门的立场争锋相对，导致整合推进缓慢。
去年4月发布的《关于实施国务院机构改革和职能转变方案任务分工的通知》曾要求，当年6月底前完成整合三大医保。然而，已经过去一年多，目前，只有七个省份完成了居民医保和新农合的整合。大多数地方的城镇两大医保仍由地方人社部门管理，新农合仍由卫生部门管理。
眼下，在三大医保还难以实行统一管理的情况下，应该加强各管理部门之间的信息共享。由于新农合与职工医保、居民医保采用不同的信息系统，信息未能实现共享，这为重复参保埋下隐患。为方便流动人口参加医保，克服重复参保现象，建立统一的信息平台，发放全国通用的医疗保险卡迫在眉睫。早在2011年，人社部就开始部署全国社保卡统一工作，居民身份证号作为唯一社保卡号。应尽快推进这项改革，使社保卡全国范围内通行，规避重复参保情况的发生。
虽然加强对参保人员的管理有助于防范重复参保，但应该看到，重复参保的深层次原因还在于，城乡没有建立统一的医保制度，城乡居民不能公平地享受经济、社会的发展成果，重复参保是农民工的一种无奈的“理性选择”。
当前，一些地方已经开始试点城乡医保“均等化”，将保障水平差别不大的新农合和居民医保率先整合，有力地防止了重复参保，也降低了管理成本。因此，参照试点的成功经验，尽快整合城乡医保。首先将新农合和居民医保交由一个部门统一管理，统一基层机构办理，城乡居民可以自由选择参保种类，由于是一个部门办理，就避免了重复参保现象的发生。对一些有条件的地区，可以建立一体化的城乡居民医保统筹政策，取消人为设置的城乡医疗保险制度的差别，从根本上杜绝重复参保，体现制度公平。